
06月06 植物研究百邁客云解決方案-BMKCloud_數(shù)據(jù)庫收錄的玉米數(shù)據(jù)所涉及研究方向:
解決方案概述
針對植物基因組學研究,百邁客云可通過BMKCloud_數(shù)據(jù)庫模塊向用戶提供海量的植物高通量測序公共數(shù)據(jù),借助公共數(shù)據(jù),可大幅降低研究成本,提升研究層次。數(shù)據(jù)檢索、下載、保存均在圖形化界面下完成,避免了傳統(tǒng)模式中,須在命令行界面下進行數(shù)據(jù)下載、格式轉換等一系列繁瑣操作的限制,完全適用于國內生信0基礎的用戶。
對于公共數(shù)據(jù)的下游分析,百邁客云目前已實現(xiàn)公共數(shù)據(jù)模塊與分析模塊的無縫對接,用戶可直接將已保存至用戶目錄的數(shù)據(jù)直接導入BMKCloud_APP分析模塊進行下游分析,該模塊同樣采用圖形化操作界面,無需用戶掌握任何編程基礎,高度集成化專業(yè)化的分析流程可保證用戶快速完成對數(shù)據(jù)的基礎分析以及必要的數(shù)據(jù)深度挖掘。
BMKCloud_數(shù)據(jù)庫目前收錄數(shù)據(jù)9PB,覆蓋約1100個屬,常見作物數(shù)據(jù)收錄情況見下圖:
BMKCloud_數(shù)據(jù)庫收錄的玉米數(shù)據(jù)所涉及研究方向:
發(fā)育調控類:產量 粒形 花發(fā)育 種子發(fā)育 葉發(fā)育 水稻鐵含量 雄性不育 基因組印記 雜種優(yōu)勢……
非生物脅迫類:氨基脅迫 鉀離子脅迫 銅離子脅迫 鋁離子脅迫 磷離子脅迫 鈣離子脅迫 鹽脅迫 氮脅迫 干旱脅迫 熱脅迫……
生物脅迫/免疫互作類:水稻條葉枯病毒侵染 稻瘟病侵染 水稻紋枯病菌侵染 水稻條斑病細菌侵染 白葉枯菌脅迫……
其他:ncRNA鑒定 可變聚腺苷酸化事件鑒定 基因組組裝 標記開發(fā) 品種鑒定……
文章思路
YU C ?et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors. Proc Natl Acad Sci . 2015
1. 數(shù)據(jù)準備
1)玉米種子吸脹階段0-72h公共數(shù)據(jù)SRA數(shù)據(jù)庫項目編號: PRJNA179196
2)進入BMKCloud公共數(shù)據(jù)模塊進行檢索
3)檢索結果
4)數(shù)據(jù)保存至BMKCloud用戶目錄
2. 轉錄組數(shù)據(jù)基礎分析
1)進入BMKCloud APP界面選擇有參轉錄組分析平臺
2)導入數(shù)據(jù)
3)選擇參考基因組
4)選擇差異表達分析閾值設定實驗對照分組
5 )任務提交
3. 基礎分析結果
1)數(shù)據(jù)質控
2)基因結構分析
3)基因轉錄水平定量
4)差異表達基因檢測
5)差異表達基因功能分析
注:文章對兩個類差異表達基因進行了功能分析,一類為在相鄰時間點差異表達基因,另一類為每個時間點與吸脹0小時(干燥種子)的差異表達基因
4.1 個性化分析–玉米吸脹階段0-192h子葉中轉錄因子鑒定
4.2 個性化分析–WGCNA共表達分析,對玉米子葉發(fā)育過程中的表達基因進行表達模式聚類
4.3 個性化分析–結合轉錄因子分析結果,鑒定WGCNA聚類得到的各個模塊中的轉錄因子
4.4 個性化分析–各WGCNA模塊中玉米轉錄因子的結合位點(TFBS)預測
1)使用BMKCloud小工具 motif_discovery 預測處于同一WGCNA模塊且注釋到同一GOterm下的基因集的motif序列
2)使用TRANSFAC、JASPAR、AthaMap等在線網(wǎng)站預測可與上述motif序列結合的轉錄因子
3)使用部署于BMKCloud的BLAST小工具,比對上述得到的轉錄因子序列與玉米轉錄因子序列,從而預測出各WGCNA模塊中存在的TF-TFBS
5. 凝膠遷移率實驗(EMSA)驗證生信預測得到的TF-TFBS